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結論：
主管機關認為特休工資屬勞基法之工資，故特休工資應計入資遣費及舊制退休金計算基礎之「平均工資」，及勞健保之「投保薪資」；法院向來則皆存在肯定說及否定說之不同見解。然而，勞基法於106年1月增訂第38條第4項「勞工之特別休假，因年度終結或契約終止而未休之日數，雇主應發給工資」，明定特休工資為「工資」，似提高法院採肯定說之機率。
內容：
勞基法第2條第3款對於「工資」之定義如下：「工資：指勞工因工作而獲得之報酬；包括工資、薪金及按計時、計日、計月、計件以現金或實物等方式給付之獎金、津貼及其他任何名義之經常性給與均屬之。」。法院見解向來則多以「勞務對價性」及「給付經常性」，作為「工資」之認定標準。所謂「勞務對價性」，是指該給付是勞工以其勞力所換取之對價（例如：本薪、加班費）；所謂「給付經常性」，是指勞工於一個相當時間內（按時、按日、按月），一般情形下經常可得領取之給付；反之，若雇主所發放之給付不具備上開特性，即非勞基法之工資，而僅屬恩惠性的給與。
特休工資是否屬於勞基法所稱之「工資」，將決定特休工資是否應計入資遣費及舊制退休金計算基礎之「平均工資」、勞健保之「投保薪資」，影響勞工權益甚大，故於實務上屢為勞雇雙方所爭議。
就此疑義，主管機關與法院亦存在不同見解，謹分別說明如下：
一、主管機關見解：特休工資為工資
主管機關不論於舊法或新法時期，皆認為特休工資，為勞工全年度未休假而工作之報酬，故其性質為具勞務對價性之「工資」（參行政院勞工委員會80年2月6日台勞動二字第01747號函、勞動部106年7月12日勞動條2字第1060131476號函釋。）
二、法院見解
就「特休工資是否為工資」之疑義，法院存在肯定說及否定說之見解：
（一） 肯定說：特休工資為工資（肯定說）
有部分法院採取與主管機關相同之見解，認為特休工資為具勞務對價性之工資（例如最高法院95年度台上字第2801號民事判決、臺灣士林地院98勞訴字第14號民事判決。）
隨著勞基法106年起增訂第38條第4項「勞工之特別休假，因年度終結或契約終止而未休之日數，雇主應發給工資」，有部分法院見解更直接援引上開規定，認定特休工資性質屬工資（例如：臺灣高等法院高雄分院108年度勞上字第38號判決、臺灣高等法院108年度重勞上字第53號判決、臺灣高等法院107年度勞上易字第121號判決）。
（二）否定說：特休工資為恩惠性給與
採否定說之法院見解，則不受主管機關見解之拘束，認為特休工資並非工資，僅是恩惠性給與（例如臺灣高等法院99年度勞上易字第122號民事判決、臺灣臺北地方法院107年度勞訴字第318號判決），其理由如下：特休制度是法律賦予達特定年資勞工免除勞務之獎勵，勞工若因未休畢而取得之特休工資，僅是上開獎勵轉換為不同形式，未改變其恩惠性之性質，故不具勞務對價性；再者，勞工是否得領取特休工資、以及其數額為何，均視各年度休假狀況而不同，故亦不具給付經常性。
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